Фамилия Фанынов — редкий пример того, как народная форма церковного имени породила необычную словообразовательную модель. В большинстве случаев от имени Фаня (уменьшительная форма от Феофан) образовывались фамилии Фанин или Фанов, но здесь мы видим суффикс -ынов, что встречается заметно реже. Такая форма могла закрепиться под влиянием фамилий на -ынов, типичных для северных и сибирских говоров, где подобное окончание было более привычным, чем литературное -ин.

Крестильное имя Феофан пришло из греческого языка и означает «богоявленный». В народной среде оно быстро обрастало сокращенными формами: Фаня, Фаняша, Фанька. Именно от формы Фаня и пошел отсчет фамилии. С именем Феофан в народном календаре связан день 25 марта, когда отмечали Феофана Проломи наст. В этот день следили за приметами: туман сулил урожай льна и конопли, а чтобы задобрить птиц, старики советовали разбросать по двору семена — считалось, что так примета вернее сбудется. Иней или туман на Феофана предвещали дожди на Исаакия Змеевника (12 июня). Особое внимание в этот день уделяли лошадям: по поверью, если 25 марта лошадь захворает, то проболеет всю весну и лето. А если лед по затонам в этот день не таял, а тонул, год ожидался тяжелым.

Существует и вторая версия происхождения фамилии, менее очевидная, но имеющая право на жизнь. Прозвище Фанын могли дать человеку по роду занятий: в основе лежит нарицательное «фан» — колпак для сбора сажи на заводе. Такое прозвище относилось к числу «профессиональных» именований и указывало на деятельность предка — углежога, трубочиста или работника, связанного с печным делом. Наконец, есть и третья гипотеза, выводящая прозвище из татарского «фани» — «бренный, тленный, невечный». Она менее убедительна, поскольку в русской ономастике подобные заимствования редко ложатся в основу прозвищ без дополнительных следов культурного контакта.

Что касается первой версии, она выглядит предпочтительнее: церковное имя Феофан было широко распространено, а фамилии от его уменьшительных форм встречаются повсеместно. Форма Фанынов могла возникнуть как патронимическое именование третьей степени: от имени Фаня — Фанын (сын Фани) — Фанынов (внук). Такая цепочка объясняет необычный суффикс и делает происхождение фамилии прозрачным.