Фамилия Фанукова — женская форма от Фануков, и её разумнее всего анализировать через мужской вариант. Основа здесь неочевидна с первого взгляда, и это как раз тот случай, когда фамилия может скрывать либо тюркское, либо славянское прозвище, но с заметным смещением в сторону восточных корней.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Фануков — «чей?» — сын Фанука. Значит, ключ к фамилии — личное имя или прозвище Фанук. В русской ономастике такое имя не встречается в святцах и не является каноническим. Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском) основа «фан» или «пан» может восходить к словам со значением «господин», «владыка» (ср. персидское «пан» — защитник, покровитель, заимствованное тюрками). Суффикс -ук в тюркских именах — уменьшительно-ласкательный или указывающий на принадлежность (как в именах Айнук, Караук). Таким образом, Фанук могло быть ласкательной формой имени со значением «господинчик» или «маленький господин».

Менее вероятная, но допустимая версия — прозвище от диалектного русского глагола «фануть» (дунуть, пахнуть), которое фиксируется в северных говорах. Тогда Фанук — человек, который «фанул», то есть, возможно, вспыльчивый или порывистый. Однако эта гипотеза слабая: глагол редкий, а суффикс -ук в русских прозвищах чаще встречается в южных и западных регионах (Мельник — Мельнук), что создаёт географическое противоречие.

География фамилии Фанукова неширокая. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители сосредоточены в Поволжье (Татарстан, Башкирия) и на Северном Кавказе, что косвенно подтверждает тюркскую версию. В этих регионах фамилии на -ов от тюркских основ — обычное дело для русифицированных татар, башкир или ногайцев.

Социальный контекст: Фануковы, вероятно, происходили из крестьян или служилых людей «инородческого» происхождения, которые приняли православие и получили фамилию по имени отца. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не зафиксировано.

Особенность фамилии — её звуковой облик: начальное «Ф» в русских фамилиях чаще всего указывает на заимствование (греческие имена вроде Фёдор, Филипп) или на иноязычную основу. В случае Фанукова это второй вариант, и фамилия стоит в ряду таких же тюркских по корню, как Абуков, Кануков, Сануков.