Фамилия Фартаков — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с удачей. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Фартака), то корень «фарт» сразу отсылает к слову «фарт» — удача, везение. В русских говорах, особенно сибирских и южных, «фартовый» означало удачливый, счастливый, а «фартак» — везунчик.

Вероятнее всего, Фартаком в XIX веке прозвали человека, которому постоянно везло: в промысле, в игре, в торговле или даже в опасном деле. Прозвище могло закрепиться за старателем, нашедшим богатую жилу, или за картежником, которому шла карта. Слово «фарт» пришло в русский язык из немецкого (Fahrt — поездка, путь, а в переносном смысле — успех в дороге), но в народной среде оно быстро приобрело значение «счастье», «удача».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками, где есть корни «фарт» (счастье) или «фурт» (вид, образ). Однако для русской фамилии германское заимствование через уголовный или промысловый жаргон выглядит естественнее.

Географически фамилия Фартаков встречается нечасто, но зафиксирована в Поволжье, на Урале и в Сибири — как раз в тех регионах, где было развито старательство, отходничество и где слово «фарт» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, а прозвище дали за личную черту — везучесть, а не за род занятий.

Суффикс -ов типичен для великорусских фамилий, поэтому форму «Фартаков» стоит считать русской, а не украинской или белорусской. Встречаются варианты с ударением на второй слог — Фартако́в, что подчеркивает прозвищное происхождение.