Фамилия Фарунин — одна из тех, что ставит перед исследователем ребус. На первый взгляд она кажется русской по форме: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Фарунин, то есть сын Фаруни). Но что за основа Фарун? В русском языке такого слова нет, и это сразу подсказывает, что корень иноязычный.

Самая вероятная версия — фамилия имеет тюркские или арабские корни. Имя Фарун — это одна из форм имени Харун (араб. هارون), библейского Аарона, брата Моисея. В тюркских языках, особенно у татар и башкир, звук «х» часто переходил в «ф» или опускался. Так Харун превращался в Фаруна или Фаруна. Фамилия Фарунин могла возникнуть в среде крещёных татар или в русско-татарском пограничье, где инородное имя адаптировали под русскую модель: к основе Фарун добавили фамильный суффикс -ин. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия редкая и географически привязана к Поволжью и Приуралью — зоне активных контактов славян с тюрками.

Менее убедительная, но возможная гипотеза — связь с греческим именем Фарос (остров и маяк) или с диалектным русским словом «фарун» в значении «фараон», которое в народе могли дать в прозвище за важный вид или, наоборот, за нелепую напыщенность. Однако такая версия слабее: прозвища от «фараона» встречаются, но обычно в форме Фараонов, а не Фарунов.

Словообразовательно фамилия проста: корень Фарун- + суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — ФарУнин, хотя в разговорной речи встречается и вариант на первый. В дореволюционных метриках фамилия могла записываться как Фарунинъ, реже — Фарунов (по другой модели, с суффиксом -ов).

Итак, перед нами типичный случай «обрусения» иноязычного имени через суффикс -ин. Носитель фамилии Фарунин, скорее всего, потомок человека по имени Фарун (Харун), который жил в зоне русско-татарского или русско-башкирского пограничья и принял православие. Фамилия редкая, и её обладателю есть чем гордиться: она хранит следы сложной этнической истории России.