Фамилия Фартунина — женская форма, в основе которой лежит мужская Фартунин. Она образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, указывающего на родство: сын или дочь человека, которого звали или прозывали Фартуня. Сама основа Фартуня — это разговорная, обиходная форма, которая могла возникнуть от прозвища или от имени.

Ключ к разгадку — слово «фартук». В старину фартуком называли не только передник, но и заслонку печи, а в некоторых говорах — даже кожаную сумку или мешок. Человек по прозвищу Фартуня — это, скорее всего, либо портной, который шил фартуки, либо торговец, носивший товар в фартуке, либо просто человек, который постоянно ходил в фартуке по роду занятий. В ономастике такая модель (профессия → прозвище → фамилия) встречается сплошь и рядом: от Кузнеца — Кузнецов, от Портного — Портнов.

Есть и менее очевидная версия. В южнорусских и украинских говорах «фартуна» означала удачу, счастливый случай (от латинского fortuna). В этом случае Фартуня могло быть охранительным прозвищем, пожеланием удачи, или же его давали везучему, удачливому человеку. Однако эта версия слабее: прозвища от абстрактных понятий встречаются реже, чем от конкретных предметов. Кроме того, слово «фартук» в русском языке закрепилось раньше и шире, чем «фортуна» в народной среде, поэтому версия с передником выглядит правдоподобнее.

Фамилия Фартунин и её производные не относятся к числу массовых. Встречается она преимущественно в центральных регионах России и в Поволжье, где были развиты ремесла и торговля. Сословной привязки нет: крестьянин, ремесленник или купец — все они могли получить такое прозвище. Фартунина, таким образом, означает «дочь или жена Фартуни», то есть потомок человека, которого когда-то окрестили по его фартуку — будь то портной, пекарь или просто аккуратный хозяин.