Фамилия Фартуня — редкий пример, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа и суффикс вместе указывают на конкретный регион: Западную Украину, Молдову или юго-запад России, где сильны румынские и молдавские влияния. Суффикс -я (в мужском роде -я, не склоняемый по падежам как женский) — характерная черта фамилий, образованных от прозвищ или профессий в этой языковой среде. В русской ономастике такая модель встречается редко и почти всегда говорит о западном или южном происхождении.

Корень «фартун» с высокой вероятностью восходит к молдавскому или румынскому слову «fortună» — «судьба, удача, счастье». В русских говорах это слово звучало как «фартуна» (от латинского fortuna через посредничество западных языков). Таким образом, Фартуня — это не ремесленная фамилия, а прозвище. Его мог получить человек, которого считали счастливчиком, баловнем судьбы, или, наоборот, тот, кто постоянно жаловался на несчастливую долю (ироничное прозвище). Второй, менее вероятный вариант — связь с итальянским или греческим именем Фортунато, которое в народной переделке могло превратиться в Фартуню.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту версию. На юге России и Украине встречаются фамилии Фортуна, Фортуня, Фортунов, Фартунов — все они от того же корня. Но форма Фартуня с окончанием -я стоит особняком: она не показывает принадлежности («чей?»), а фиксирует само прозвище как таковое, что типично для украинской и молдавской традиции фамилий-прозвищ (ср. Лисеня, Шуляк). Носитель фамилии Фартуня — это не «сын Фартуна», а сам Фартуня, то есть человек, которого когда-то прозвали Судьбой или Счастливчиком.

По сословному составу: в XIX веке такие фамилии чаще всего встречались среди крестьян и мещан западных губерний, а также среди казаков и однодворцев юга. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — слишком «прозрачная» и простонародная основа. Если ваши предки носили фамилию Фартуня, ищите корни в Бессарабии, Подолье, на Буковине или в Таврической губернии — там, где молдавский язык и украинские говоры переплетались особенно плотно.