Фамилия Фарзеева — женская форма, а её мужской вариант Фарзеев. В русской ономастике это относительно редкая фамилия, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский фамильный суффикс -ев (который указывает на принадлежность: «чей?» — Фарзеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Фарзей). Основа — «Фарзей» или «Фарзя».

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими корнями, скорее всего, с татарским или башкирским языком. В этих языках есть личное имя Фарзи (или Фарза), которое восходит к арабскому «фарз» — «обязанность», «долг», «предписание» (в религиозном смысле — обязательное предписание шариата). Имя Фарзи могло даваться мальчику как пожелание быть исполнительным, ответственным, богобоязненным человеком, строго соблюдающим предписания. В русской среде такое имя превратилось в прозвище Фарзей, а затем в фамилию.

Есть и более бытовая, прозвищная версия. В некоторых говорах русского Севера и Урала словом «фарза» или «фарзя» могли называть капризного, привередливого человека или, наоборот, бойкого, вертлявого. Однако эта гипотеза менее устойчива, так как слово не зафиксировано в широких диалектных словарях как общеупотребительное. Скорее всего, это местное, узкорегиональное прозвище.

Географически фамилия Фарзеева встречается в Поволжье, особенно в Татарстане, Башкортостане и соседних областях (Самарская, Оренбургская). Это подтверждает тюркскую версию: фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или в русско-татарском пограничье, где тюркские имена легко русифицировались через суффикс -ев.

Таким образом, предок носителей фамилии Фарзеевых, скорее всего, был человеком, которого звали тюркским именем Фарзи (или прозвищем Фарзей), что означало «обязанный», «исполнительный», а возможно, и «набожный». Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и её редкость говорит о том, что род был не слишком многочисленным и географически привязанным к определённой местности.