Фамилия Фардеева — женская форма фамилии Фардеев, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Фардей. В основе лежит просторечная форма канонического имени Фаддей, которое пришло к нам из древнееврейского и означает «хвала». На русской почве имя претерпело ряд изменений: в южных и западных говорах его произносили как Хвадей, а в северных и восточных — как Фадей или Фардей. Замена «д» на «р» (Фадей → Фардей) — характерная черта диалектного произношения, так называемое «аканье» с усилением сонорности, когда звук «д» перед «е» смягчался и переходил в «р», что не редкость в говорах Поволжья и Приуралья.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Фардеев — это «сын Фардея». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на мягкий согласный или «й». В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются у потомков людей с именами на твёрдый согласный (Иван — Иванов), -ев закрепился за основами с мягким окончанием.

Интересно, что фамилия Фардеева не слишком распространена в центральной России, но заметна в Татарстане и соседних с ним регионах. Это не случайно: имя Фаддей (в форме Фардей) было популярно среди крещёных татар и чувашей, которые адаптировали православные имена на свой лад, меняя звучание. Поэтому среди носителей фамилии могут быть как русские из старообрядческих общин, где любили архаичные формы имён, так и потомки крещёных народов Поволжья.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду с такими же редкими вариантами, как Фардеевский (с оттеночным суффиксом -ск-), или с ещё более диалектным Фардеевых (форма родительного падежа, характерная для северных говоров). Но именно Фардеева — самая устойчивая форма, сохранившая и имя-основу, и память о том, что предок звался не просто Фаддеем, а по-домашнему, по-деревенски — Фардеем.