Фамилия Фардеев — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности и не связана с очевидным русским корнем. В ней нет ничего от «фарды» или «фардея» в привычном словаре. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть в сторону тюркских языков, а точнее — на личное имя Фардей.

Самая вероятная версия: Фардеев образована от имени Фардей, которое является русской народной формой канонического имени Фаддей. В православных святцах Фаддей — имя апостола из числа семидесяти, пришедшее из арамейского и означающее «хвала», «восхваляющий». В бытовой речи имя нередко упрощалось: Фаддей превращался в Фадей, а затем и в Фардей (с характерной для некоторых говоров заменой «д» на «рд»). Суффикс -ев указывает на стандартную русскую модель: «чей?» — Фардеев, то есть сын или потомок Фардея.

Однако есть и вторая, более глубокая версия, связанная с тюркским миром. У татар и башкир встречается имя Фарди (от арабского «фард» — единственный, неповторимый, а также религиозный термин, означающий обязательное предписание). В русской записи это имя могло адаптироваться как Фардей, а фамилия — закрепиться в форме Фардеев. В таком случае фамилия указывает на предка, носившего имя с религиозным оттенком, возможно, из среды крещёных татар или выходцев из Волго-Уральского региона.

Географически фамилия Фардеев встречается нечасто. Её можно встретить в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Удмуртия), а также в некоторых областях центральной России, куда переселялись крестьяне. Встречаются и варианты написания — Фардеев, где ударение обычно падает на первый слог: Фа́рдеев.

Таким образом, перед нами фамилия, стоящая на границе двух культурных традиций: славянской адаптации библейского имени и тюркского влияния. Какую версию считать основной — зависит от конкретной семьи. Если в роду были старообрядцы или выходцы из северных губерний — скорее всего, это от Фаддея. Если корни ведут в татарские деревни — от Фарди.