Фамилия Фасахудинов — редкий случай, когда основа почти не поддаётся интуитивному разбору без обращения к арабской графике и тюркской фонетике. На первый взгляд она кажется производной от имени Фасах, но это не так. В основе лежит арабское имя Фасхуддин (от «фасх» — разъяснение, растолкование и «ддин» — вера, религия), что в сумме означает «разъяснитель веры», «толкователь религии». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, имя трансформировалось в Фасахудин — с характерным гласным «у» между корнями, который облегчал произношение. Фамилия Фасахудинов образована по стандартной русской модели: от имени Фасахудин через притяжательный суффикс -ов, означающий «сын Фасахудина» или «принадлежащий ему».

Интересна география. Фамилия Фасахудинов почти не встречается за пределами России и бывшего СССР, а внутри страны её ареал чётко очерчен — Волго-Уральский регион. Основные носители живут в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях, где исторически селились казанские и мишарские татары. Это фамилия второй половины XIX века, когда после реформ 1860-х годов у мусульманских народов начался массовый переход от патронимических имён к наследственным фамилиям.

Словообразовательный суффикс -ов здесь не случаен. В отличие от фамилий на -ин (как Фасахудин), суффикс -ов характерен для арабских и персидских основ, которые адаптировались через тюркское посредничество. Он указывает на то, что фамилия фиксировалась в русскоязычной среде — при переписях и в метрических книгах. Если бы фамилия оформлялась в татарской традиции, она могла бы звучать как Фасахудинов, но с ударением на последний слог, или даже Фасахудинов-нын (с притяжательным аффиксом).

Споров по этимологии почти нет. Единственная альтернативная версия — связь с диалектным тюркским словом «фасак» (вред, порча) — лингвистически слаба, так как суффикс -удин в таком случае необъясним. Поэтому основная гипотеза остаётся единственной: предок носителя фамилии был человеком, чьё имя означало «толкователь веры» — возможно, муллой, учителем в медресе или просто религиозным человеком в сельской общине. Фамилия не аристократическая, а народная, крестьянско-мещанская, каких большинство в татарском ономастиконе.