Фамилия Фасеева — женская форма мужской фамилии Фасеев. В основе лежит неканоническое имя или прозвище Фасей, которое могло образоваться от слова «фас» — лицо, передняя сторона, или от глагола «фасить» (в диалектах — важничать, рисоваться). В таком случае прозвище Фасей давали человеку с заметным лицом, возможно, с крупными чертами, либо тому, кто любил покрасоваться, держался напоказ.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединяется к основе, оканчивающейся на й (Фасей → Фасеев). Ударение в фамилии плавающее: в разных семьях произносят и Фасе́ева, и Фа́сеева. Это связано с тем, что исходное прозвище могло иметь разную акцентную норму в говорах.

Есть и менее очевидная версия: происхождение от тюркского корня «фас» (в значении «чистый, светлый») или от арабского «Фаси» (относящийся к городу Фес в Марокко). Но для русской фамилии такое объяснение маловероятно: географическая привязка к Фесу нехарактерна для восточнославянской ономастики, а тюркские заимствования в фамилиях чаще дают основы вроде «Фазыл» или «Фасхутдин».

Фамилия Фасеева редкая, встречается в основном в Поволжье — в Татарстане, Самарской и Ульяновской областях. Это может указывать на смешанное русско-тюркское происхождение: прозвище могло возникнуть на стыке культур, где слово «фас» понималось и по-русски, и по-татарски. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с середины XIX века среди государственных крестьян и мещан — сословий, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

По сравнению с однокоренными (Фасов, Фасин, Фасенко) фамилия Фасеев/Фасеева выделяется суффиксом -ев, который в русской традиции чаще присоединяется к основам на -ей, чем на -ов. Это делает её более архаичной по форме.