Фамилия Фаткулен — редкий случай, когда написание прямо указывает на регион происхождения. В ней отчётливо слышен тюркский корень, но финальное -ен вместо привычного -ов или -ин выдаёт не татарскую или башкирскую, а скорее астраханскую или казахстанскую среду. Фамилии на -ен в русском контексте — это, как правило, кальки с тюркских фамилий на -улы, -кызы, которые при русификации сократили до одного суффикса. Встречается такая модель особенно часто у ногайцев, казахов и астраханских татар.

Основа фамилии — Фаткул. Это усечённая форма арабского имени Фатхулла (Фатхелла, Фатхуллах), где «фатх» означает «победа», «открытие», а «улла» — «аллах». Полное имя переводится как «победа Аллаха» или «открытое Богом». В тюркской среде имя было популярно в разных вариациях: Фаткулла, Фаткул, Фатхулла. Фамилию Фаткулен, скорее всего, образовали от патронима: сын Фаткулы — Фаткулен. То есть предок носителя этой фамилии носил имя Фаткулла, и его дети по русской административной традиции получили фамилию, закрепившую отчество.

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральной России и Поволжье, где татарские фамилии обычно заканчиваются на -ов или -ев (Фаткуллов, Фаткуллин). Форма Фаткулен — маркер южных степных регионов, где взаимодействие русского делопроизводства с тюркскими языками шло по иному пути. Встретить её можно в Астраханской области, Калмыкии, а также среди казахов, чьи предки в XIX веке получали фамилии по той же модели.

Суффикс -ен в данном случае не белорусский и не украинский (как в фамилиях Коваленко, Бондаренко), а прямой перенос тюркского притяжательного аффикса, адаптированный кириллицей. Поэтому при попытке этимологизировать фамилию через славянские суффиксы легко ошибиться: это не «чей-то» в славянском понимании, а «сын такого-то» по тюркской логике, записанный русскими чиновниками на слух. Других версий происхождения у фамилии нет — она однозначно восходит к имени Фатхулла и указывает на мусульманское вероисповедание предков.