Фамилия Феденин образована от имени Феденя — народной, разговорной формы крестильного имени Фёдор (от греческого Theodoros — «дар Бога»). В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Феденин буквально значит «сын Федени», то есть потомок человека, которого в быту звали Феденей. Это типичная модель для фамилий центральной России и северных областей, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Интересно, что основа Феденя — не единственный вариант уменьшительного от Фёдора. В народе бытовали Федя, Федюня, Федул, Федот, Федосей — и все они дали начало разным фамилиям: Федин, Федюнин, Федулов, Федотов, Федосеев. Феденин стоит в этом ряду особняком: суффикс -еня встречается реже, чем -я или -уня, и характерен скорее для северо-западных говоров — псковских, новгородских, тверских. Поэтому по фамилии можно предположить, что предки носителя жили именно в этих краях.

В документах фамилия фиксируется с XVII века. В переписных книгах Новгородской пятины встречаются крестьяне Феденины — пахари и рыбаки. Позже, в XIX веке, фамилия распространилась шире, но сохранила преимущественно крестьянский и мещанский характер: дворян среди Федениных почти не было, что подтверждает её «низовое» происхождение от прозвищного имени.

Спорных версий у фамилии нет. Изредка её путают с Федениным от имени Федя, но это разные суффиксальные модели: Федя → Федин, Феденя → Феденин. Единственный нюанс — ударение. В большинстве говоров оно падает на последний слог: Федени́н. Но в некоторых регионах, особенно на Вологодчине, могли произносить Фе́денин — по аналогии с другими фамилиями на -енин (например, Вене́н — Вене́нин). Современные носители чаще ставят ударение на «и», и это считается нормой.