Фамилия Фефилатьева — женская форма редкой фамилии Фефилатьев. В основе лежит каноническое имя Феофилакт, что в переводе с греческого означает «хранимый Богом» или «Богом хранимый». В народной речи это имя претерпело сильное сокращение и искажение: от полного Феофилакт через стадию Фефилат к форме Фефилатий, которая и легла в основу фамилии. Суффикс -ев указывает на типичную модель образования от имен на -ий: чей? — Фефилатьев, то есть сын или потомок человека по имени Фефилатий.

Интересно, что фамилия сохранила «ять» в корне — букву, которая в дореволюционной орфографии писалась в слове «Фефилатьев» и указывала на древнее произношение звука, близкого к «е» закрытому. В современных текстах это написание почти не встречается, но в документах XIX — начала XX века его можно найти. Это делает фамилию своеобразным маркером грамотности и сословной принадлежности предков: скорее всего, они были крестьянами или мещанами, чьи имена записывали священники или писцы, следуя книжной норме.

Географически фамилия привязана к центральным и северным губерниям России. Встречается в архивах Вологодской, Костромской и Ярославской областей, где имя Феофилакт было популярно в среде духовенства и крестьян, особенно в старообрядческой среде, где ценили редкие греческие имена. Фамилия Фефилатьева — не массовая, её носительницы, скорее всего, потомки одного или нескольких родов, расселившихся по этим землям.

В отличие от распространённых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Фефилатьев стоит в ряду тех, что образованы от усечённых форм редких имён. Однокоренные варианты — Фефилов, Фефилатов, Феофилактов — встречаются чаще, но именно форма с «ять» и суффиксом -ев указывает на конкретную ветвь рода, где имя закрепилось как родовое прозвище.