Фамилия Фефилактова — одна из тех, что сразу выдают церковные корни, но с неожиданным поворотом. Её основа — каноническое мужское имя Феофилакт (в переводе с греческого «хранимый Богом»). В русской народной традиции имя часто упрощали до Фефилакт или Филакт, отбрасывая начальный слог. Именно эта обиходная форма и легла в основу фамилии. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий XIX века: «чей?» — «сын Фефилакта», то есть потомок человека по имени Фефилакт.

Интересно, что фамилия Фефилактова — женская форма, а мужской вариант — Фефилактов. В дореволюционной России такие фамилии чаще встречались в среде духовенства и купечества, поскольку имя Феофилакт было распространено именно среди церковнослужителей. Священники и монахи нередко давали своим детям «календарные» имена, которые в крестьянской среде были редкостью из-за сложности произношения. Поэтому предки носительницы фамилии с большой вероятностью были связаны с церковной иерархией: либо сам Фефилакт был священником, дьяконом или причетником, либо его отец носил это имя в честь святого.

Регионально фамилия Фефилактовых тяготеет к центральным и северным губерниям России, особенно к Вологодской, Костромской и Ярославской областям. В этих краях имя Феофилакт в народном произношении часто звучало именно как Фефилакт, что и закрепилось в документах. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречается и вариант Филактов — ещё более сокращённая форма, но Фефилактов остался основным.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «церковных» фамилий, как Феофанов, Феодоров, Феоктистов. Но отличие Фефилактовой в том, что она образована не от полного, а от народно-разговорного варианта имени. Это делает её не просто указанием на святого покровителя, а отражением живого языкового процесса: как длинное и книжное имя адаптировалось в быту.