Фамилия Фефилатова — женская форма фамилии Фефилатов. В основе лежит редкое каноническое имя Фефилат, которое представляет собой народную переделку греческого имени Феофилакт (Theophylaktos), означающего «хранимый Богом» или «богохранимый». В русском языке имя упростили: из полного Феофилакт выпали звуки, и получилось «Фефилат». Такая трансформация — не редкость для заимствованных имён: Феофан превращался в Фефан, а Феодор — в Фёдор.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Фефилат добавили суффикс -ов (в женском роде — -ова). Это указывает на то, что родоначальника звали Фефилат, и его дети стали Фефилатовыми. С точки зрения географии, фамилия больше распространена в северных и центральных регионах России, где имя Фефилат встречалось чаще, чем на юге. Встречаются и варианты написания с одной «ф» — Фефилатова, но это скорее результат упрощения на письме, а не отдельная фамилия.

Интересная деталь: имя Феофилакт в церковной среде было довольно почётным — его носили несколько византийских патриархов и святых. Однако в крестьянской и мещанской среде это имя, пройдя через народную переделку, потеряло книжный оттенок и стало бытовым. Поэтому предки современных Фефилатовых с равной вероятностью могли быть и священниками (в память о святом), и простыми крестьянами, которых нарекли «по святцам», но в обиходе звали проще.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Фефилов, Фефиловский и Фефилатьев образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Фефилатов — самый распространённый вариант, что говорит о массовости именно этой словообразовательной модели в XVIII–XIX веках.