Фамилия Фефилактов — редкий случай, когда церковное имя перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою исходную форму. В основе лежит крестильное имя Фефилакт, которое в русской традиции встречается нечасто. Это греческое имя Θεοφύλακτος (Феофилактос) означает «хранимый Богом» или «богохранимый». В русском языке оно прошло через народную переработку: начальное «Фео-» упростилось до «Фе-», а ударение сместилось, превратив длинное имя в более привычное для слуха Фефилакт. Так что носитель фамилии — буквально «потомок того, кого хранит Бог».

Модель образования здесь простейшая и самая массовая для русских фамилий: суффикс -ов, присоединённый к полной форме имени. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, принадлежал к непривилегированным слоям — крестьянам, посадским или духовенству, где фамилии часто давали просто по имени отца. В дворянской среде предпочитали более книжные формы на -ский или оканчивающиеся на -ин от прозвищ. Фефилактов — фамилия «патронимическая», то есть отвечающая на вопрос «чей сын?»: сын Фефилакта.

Интересна география бытования. Имя Фефилакт встречается преимущественно в святцах, но в народе было редким. Поэтому и фамилия Фефилактов — нечастая. Она могла закрепиться в тех регионах, где было сильно влияние церковных имен, например, в среде сельского духовенства или в старообрядческих общинах, которые держались за архаичные формы. Встречаются варианты написания через «е» — Фефелактов, что отражает акающее произношение: в безударном положении «и» и «е» звучали одинаково.

С точки зрения словообразования, фамилия примечательна тем, что не подверглась усечению или суффиксальному упрощению. Сравните с однокоренными фамилиями, например, Феофилактов — та же основа, но с сохранением полного греческого прототипа. Фефилактов же — более «обрусевший», народный вариант. В дореволюционных метрических книгах можно встретить и Фефилактова (женский вариант), и Фефилактовых — форма множественного числа, типичная для северных и сибирских говоров, где фамилией обозначали весь род.