Фамилия Филатченко — один из ярких примеров того, как восточнославянская модель фамилии на -енко наложилась на греческое по происхождению имя. Её основа — каноническое имя Филат, которое в русских святцах соответствует греческому Теофилактос («Богом хранимый»). В народном произношении имя упростилось: отпало начало Тео-, и осталось Филат, которое и стало базой для множества фамилий.

Суффикс -ченко типичен для украинской и южнорусской ономастики. В данном случае он присоединён к основе Филат- через посредство отчества Филатович (сын Филата). Фонетический переход «т» в «ч» перед суффиксом — явление обычное для восточнославянских говоров: так Филатович превратился в Филатович, а затем в Филатченко. Таким образом, фамилия буквально означает «потомок Филата», «Филатов сын».

Имя Филат до XVII века было довольно распространённым на Руси, особенно среди крестьян и посадских людей. В документах XIV–XVII веков встречаются Филаты — от холопов до купцов. Поэтому носитель фамилии Филатченко мог быть потомком человека, которого в семье или в официальной записи называли полным церковным именем, а не уменьшительным.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В переписях XIX века Филатченко встречаются преимущественно в Курской, Харьковской, Воронежской губерниях. Это зона, где украинский и русский диалекты переплетались, а суффикс -енко был нормой для обозначения семейной принадлежности.

Интересная деталь: в отличие от более частых Филатовых, форма Филатченко сохранила архаичную отческую модель, где суффикс указывает на прямое родство, а не на владение (как -ов/-ев). То есть если Филатов — это «чей-то человек», то Филатченко — это «сын такого-то», что ближе к древнерусской системе именования.

Встречаются и более редкие варианты написания — Филаченко, Филатовченко, но именно Филатченко закрепилась как основная форма. Сейчас фамилия не слишком частая, но устойчиво бытует на юге России и в украинском Приднепровье.