Фамилия Филатченкова образована от мужского имени Филат, которое в народной традиции стало сокращённой формой крестильного имени Феофилакт. Имя греческое, и его смысл — «богохранимый» или «Божий страж». Такое толкование встречается в справочниках по ономастике, и оно же лежит в основе целого «гнезда» родственных фамилий: Филатов, Филатьев, Филаткин, Филатовцев.

Разбор фамилии стоит начать с суффиксальной цепочки. В основе лежит Филат, затем добавляется уменьшительный суффикс -к-, дающий форму Филатко, и только потом — притяжательный суффикс -ов. Получается Филатченков, где сочетание «чен» — следствие чередования согласных при присоединении суффикса. Такая модель типична для фамилий, которые закрепились в среде простых людей: ремесленников, крестьян, мелких служилых. Учитывая, что имя Филат в XVIII–XIX веках бытовало преимущественно в южнорусских и украинских говорах, предки Филатченковых, скорее всего, происходили из этих мест и принадлежали к рабочей или крестьянской среде.

Показательно, что фамилия сохранила женскую форму — Филатченкова. Это не отдельная фамилия, а указание на принадлежность женщине из рода Филатченковых. В документах и метрических книгах такая форма закрепилась за дочерьми и жёнами, и она же стала официальной для многих носительниц. В этом смысле фамилия Филатченкова — живое свидетельство того, как в русской традиции фамилия передавалась по мужской линии, но в бытовом и церковном обиходе меняла окончание.

Стоит отметить и редкий для современного уха вариант написания. Многие ожидали бы увидеть более распространённую форму Филатов или Филаткин, но Филатченков встречается реже. Это говорит о том, что род, вероятно, не был многочисленным и не дал массового расселения по стране. Зато фамилия хорошо сохранилась в тех регионах, где имя Филат было привычным, — на юге России, в Поволжье и на Украине.