Фамилия Филатенкова — яркий пример того, как женская форма фамилии может рассказать о происхождении не меньше, чем мужская. В основе лежит мужская фамилия Филатенков, а та, в свою очередь, образована от имени Филат. Это просторечная, народная форма канонического крестильного имени Феофилакт (в переводе с греческого — «хранимый Богом»). В русской традиции сложные греческие имена часто усекались и переделывались: Феофилакт превращался в Филата, а затем и в Филатку — так на Руси называли мальчиков, не вдаваясь в книжные тонкости.

Суффикс -енков указывает на происхождение фамилии из северных и центральных областей России, а также Поволжья. В этих регионах патронимические фамилии часто образовывали с помощью суффикса -енков (вместо московского -евич или южного -енко). Филатенков — буквально «сын Филатенка», то есть внук или потомок человека по имени Филат. Окончание -а в женском варианте — стандартный способ указать на принадлежность к роду: жена или дочь Филатенкова.

Интересно, что фамилия Филатенков не слишком распространена, но встречается устойчиво в Тверской, Ярославской и Костромской областях. В старину Филатами чаще называли крестьян и посадских людей — имя было простонародным, не аристократическим. Поэтому предки современных Филатенковых, скорее всего, были сельскими жителями, ремесленниками или мелкими торговцами, а не дворянами.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах можно встретить Филатенков и Филатинков, а также Филатонов — последнее уже от другой, полной формы имени. Но именно вариант с -енков закрепился как самый характерный для этой фамилии.