Фамилия Филатенко — яркий представитель украинской модели образования на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, изначально имел значение «маленький», «сын» или «потомок». Если разобрать фамилию на составляющие, корень Филат- восходит к каноническому мужскому имени Филарет, а суффикс -енко указывает на происхождение: Филатенко — это буквально «сын Филата», то есть человека по имени Филарет.

Имя Филарет — греческого происхождения (Philaretos, от philos — «любящий» и arete — «добродетель»). В православных святцах оно означает «любящий добродетель». Однако в народной, бытовой речи имя часто сокращалось и видоизменялось: Филат, Филя, Филька. Именно от краткой формы Филат и пошла основа фамилии. Полная форма Филарет в фамилиях встречается реже (например, Филаретов), а Филатенко — более живой, разговорный вариант, закрепившийся в крестьянской и казацкой среде.

Географически фамилия Филатенко плотно привязана к Украине и югу России. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Черкасской, Полтавской, Киевской и Сумской областях. В документах XVIII–XIX веков, например, в реестрах Запорожского войска или метрических книгах Левобережной Украины, фамилия встречается в формах Филатенко, Филатенок, Филатенков. Последний вариант — результат обрусения на русских территориях, где суффикс -енко могли заменять на -енков.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «филат» — так в некоторых говорах называли нерасторопного, медлительного человека. Однако эта гипотеза слабая: имя Филарет было настолько распространено среди духовенства и простого люда, что объяснять фамилию через прозвище нет оснований. Подавляющее большинство носителей Филатенко — потомки людей, чьих отцов или дедов звали Филатом.