Фамилия Филеня звучит на слух скорее как украинская или белорусская, чем великорусская. И это верная догадка: её выдает характерный суффикс -еня, который в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин. В белорусском и украинском языках этот суффикс часто образует отчества или прозвища от личных имён (вроде Василеня, Гриценя, Демченя), указывая на родство: Филеня — буквально «сын Фила» или «маленький Фил».

Основа фамилии восходит к просторечной, сокращённой форме крестильного имени Филипп. В русских говорах Филя, Филеня — это ласкательное обращение к Филиппу, такое же, как Степан — Степа, Пётр — Петя. Имя Филипп (от греческого «любящий коней») было распространено на Руси, и его производные дали целый ряд фамилий: Филиппов, Филькин, Филяев, а также Филеня.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах «филя» или «филеня» могло означать «простак», «ротозей» — слово из народной лексики с оттенком лёгкой насмешки. Если прозвище прижилось, то фамилия могла возникнуть не от имени, а от этой бытовой характеристики. Однако первая версия — от имени Филипп — встречается чаще и подтверждается массой аналогичных фамилий на -еня.

Географически Филеня — фамилия нечастотная, но встречается преимущественно на западе и юго-западе России, а также в Беларуси и на Украине. В документах XVII–XVIII веков могли писать как Филеня, так и Филёня — с «ё» под ударением, что со временем закрепилось в современном написании. Таким образом, предки носителя этой фамилии с высокой вероятностью были крестьянами или мещанами из западнорусских земель, а сама фамилия — живое напоминание о том, что когда-то её основателя называли просто Филей.