Фамилия Филенева — женская форма, мужская — Филенев. Она образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от основы на -н- с помощью суффикса -ев, а не -ов, потому что конечный звук основы мягкий. Вопрос в том, что это за основа.

Здесь возможны два основных пути, и оба ведут к прозвищам или именам, бытовавшим в крестьянской и мещанской среде. Первый и самый очевидный — от имени Филя. Филя — это уменьшительная форма от Филат (каноническое Феофилакт, «хранимый Богом») или от Филимон («любящий»). В народе Филей называли любого, чьё полное имя начиналось на «Фил-». Суффикс -ен- в основе «Филен-» — это патронимический (отцовский) суффикс со значением «сын»: Филя → Филеня (сын Фили) → Филенев. То есть Филенев буквально — «сын Филеня», а Филеня — ласкательное или обиходное имя для сына Филата.

Вторая версия, менее распространённая, но не менее интересная, отсылает к прозвищу Филеня. В южнорусских и украинских говорах «филеня» или «филя» могло означать простака, ротозея, человека нерасторопного. Слово это родственно глаголу «филентить» — бездельничать, шататься без дела. В этом случае фамилия произошла не от крестильного имени, а от уличного прозвища, которое дали по характеру или поведению.

Географически фамилия Филенев (и Филенева) встречается в основном в центральных и южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Волгоградской областях, а также на Украине. Это подтверждает связь с южнорусской диалектной лексикой и с именем Филат, которое было особенно популярно именно в этих краях.

Стоит отметить, что фамилия Филенев — не путать с Филиновым или Филимоновым. Суффикс -ен- здесь не уменьшительно-ласкательный (как, например, в фамилиях на -ин), а именно патронимический, указывающий на происхождение от отца с именем или прозвищем Филеня. Таким образом, предок носительницы фамилии Филенева — человек, которого в быту звали либо по имени Филя (с оттенком родства Филеня), либо по прозвищу, связанному с неспешным или простодушным нравом.