Фамилия Филены — редкий случай, когда написание и произношение почти полностью совпадают с формой множественного числа от существительного «филёна». Именно этот факт и подсказывает главное направление поиска: перед нами, скорее всего, не фамилия на -ин или -ов, а фамилия, застывшая в форме родительного падежа или, что вероятнее, в форме «ярославского» типа на -ых/-их, но с утратой конечного согласного. Если бы фамилия звучала как Филенов, её основа была бы ясна — отчество от прозвища Филен. Но форма Филены указывает на иную модель: это могли быть «Филены», то есть «из семьи Филен», где Филен — личное имя или прозвище главы рода.

Разбираем корень. Основа «фил-» в русских прозвищах и именах чаще всего восходит к греческому «филео» — «люблю». Отсюда целый ряд крестильных имён: Филарет, Филимон, Филипп. Но в народной среде эти имена сокращали до Филя, Филька, а от них образовывали прозвища Филеня, Филена. Филена — это уменьшительно-ласкательная форма от Филя, Филька, как Милена от Мила. В таком случае прозвище Филена давали человеку ласковому, любимому или, наоборот, с иронией — тому, кто слишком «филейничал», то есть неженничал.

Есть и вторая, более редкая версия. В северных говорах, особенно в архангельских и вологодских, «филеной» могли называть сову или филина. Слово «филёна» — диалектный вариант названия ночной птицы, родственный «филину». Прозвище Филена могли дать человеку с крупными глазами, нелюдимому или тому, кто поздно ложится. Фамилия Филены в этом случае — прозвищная, без патронимического суффикса, что типично для украинской или южнорусской традиции, а также для фамилий, зафиксированных в форме множественного числа (сравните: Жуки, Коты, Соколы).

Географически фамилия Филены встречается крайне редко. Основные следы ведут в западные области России и в Беларусь, где форма родительного падежа множественного числа как фамилия (Филены, то есть «чьи? — Филены») была распространена. В русской традиции такие фамилии чаще писали с окончанием -ых (Филеных), но в устной речи и при переписи могли записать и без него. Таким образом, носитель фамилии Филены с высокой вероятностью происходит из семьи, где родоначальника звали Филеной — либо как ласковое прозвище от Филата или Филиппа, либо как прозвище за сходство с ночной птицей.