Фамилия Филеник — редкая и по своему строению нетипичная для восточнославянского именника. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Окончание -ик указывает на западнославянское или, что вероятнее, украинское и белорусское происхождение. В этих языках суффикс -ик часто образует фамилии от личных имён или прозвищ, выполняя роль уменьшительности или принадлежности: Филеник буквально означает «маленький Филен» или «сын Филена».

Основа Филен- восходит к каноническому имени Филипп, которое в просторечии нередко сокращалось до Филя, Филеня. Таким образом, Филеник — это патроним (фамилия по отцу), образованный от производной формы имени Филипп. Человек по прозвищу Филеня, Филен — скорее всего, крестьянин или ремесленник, живший на территории современных Украины или Беларуси, где такие модели фамилий особенно распространены.

Менее вероятна, но допустима версия, связывающая основу с греческим словом phileo («люблю»). В этом случае Филеник могло быть искусственным семинарским прозвищем, означающим «любитель» или «друг». Однако для такой фамилии скорее ожидалось бы окончание -ов или -ский, так как семинарские фамилии в России чаще русифицировались. Поэтому версия с именем Филипп выглядит естественнее и правдоподобнее.

Географически фамилия Филеник встречается локально, преимущественно в западных областях Украины и в приграничных районах Беларуси. В России она почти не фиксируется, что подтверждает её западнорусские корни. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где фамилии закрепились позже, в XVII–XIX веках, через прозвища отцов.

Словообразовательная модель проста: корень Филен- + суффикс -ик. Ударение, судя по аналогии с другими фамилиями на -ик, падает на первый слог: Фи́леник.