Фамилия Филишкан — редкая и нестандартная для восточнославянской традиции. Её основа и структура сразу выдают нерусское происхождение. В русском языке фамилии с таким окончанием почти не образуются, и это главная зацепка для этимолога.

Наиболее вероятно, что Филишкан — это русифицированная или украинизированная форма фамилии, восходящей к румынскому или молдавскому корню. В молдавской и румынской ономастике распространены фамилии на -еску, -ан, -у, но встречаются и образования с суффиксом -кан, который может указывать на принадлежность к определённой местности или роду. Основа «Филиш-» почти наверняка связана с личным именем Филипп (греч. «любящий коней»). В румынском языке имя Филип звучит как Filip, а уменьшительные формы могли дать Филиш (Filip → Filiș → Filișcan). Таким образом, Филишкан — это «потомок (или человек) маленького Филиппа», где суффикс -кан выполняет роль патронимического или уменьшительного показателя.

Вторая, менее вероятная, версия отталкивается от тюркских языков. В них -кан — распространённый компонент, означающий «хан, правитель» или «кровь, род» (например, в фамилии Чингисхан). Но основа «Филиш-» для тюркских языков чужда, и притянуть её к ним можно только через искажённое заимствование, что делает эту гипотезу слабой.

Географически фамилия Филишкан тяготеет к зонам смешанного славяно-романского населения: Молдова, Буковина, Одесская область, а также к сёлам Западной Украины, где исторически жили молдавские переселенцы. В России фамилия встречается единично — скорее всего, её принесли мигранты в XX веке.

С точки зрения словообразования, фамилия не вписалась в русскую модель на -ов/-ин, что указывает на её позднюю и «механическую» фиксацию в документах. Носитель фамилии Филишкан почти наверняка имеет предков, которые говорили на румынском или молдавском языке и были крестьянами или мелкими ремесленниками. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к известным историческим родам нет.