Фамилия Филицын образована от имени, а точнее — от его уменьшительной формы. В основе лежит имя Филица, которое в русском быту было народным вариантом церковного имени Фелицата (от латинского felicitas — «счастье»). Имя это встречалось нечасто, преимущественно в крестьянской и мещанской среде, где полное имя Фелицата сокращали до короткого Филица.

Суффикс -ын указывает на принадлежность: Филицын буквально значит «сын Филицы» или «из семьи Филицы». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: от женского имени на -а или -я. Если бы фамилия образовалась от мужского имени Филица (что тоже возможно, хоть и реже), суффикс остался бы тем же, потому что основа оканчивается на -а. В любом случае, первый носитель фамилии — человек, которого в документах записали как Филица, а его потомки стали Филицыными.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России. В переписях XIX века Филицыны встречаются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — там, где имя Фелицата было в ходу у старообрядцев и крестьян. Встречается и вариант Филицин, с тем же корнем, но с суффиксом -ин, что связано с диалектным произношением или ошибками писцов.

Редкость фамилии объясняется нераспространённостью исходного имени. Зато это делает её чётким маркером: если вы встретили Филицына, почти наверняка его предки жили на Русском Севере или в Поволжье и носили имя, которое в XIX веке уже считалось устаревшим. Никакого отношения к слову «филин» фамилия не имеет — это случайное созвучие, которое иногда вводят в заблуждение.