Фамилия Филицина — женская форма, а её мужской вариант — Филицин. В основе лежит довольно редкое календарное имя Филица (или Фелица), которое восходит к латинскому felix — «счастливый», «удачливый». В святцах это имя встречается в мужской форме Феликс, но в народной традиции бытовали и женские производные, в том числе Филица.

Фамилия образована по простой и продуктивной модели: к основе имени добавили суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность — «чей?» — «сын (или дочь) Филицы». Таким образом, Филицин — буквально «потомок человека по имени Филица». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, и широко распространён в северных и центральных областях России.

Интересно, что в XIX веке имя Филица могло восприниматься как просторечный или даже сниженный вариант имени Фелицата (от лат. felicitas — «счастье»). В таком случае фамилия Филицина могла возникнуть от уменьшительной формы этого более длинного имени. Встречается и версия, что основа — не имя, а прозвище Филица, данное человеку с весёлым, «счастливым» нравом. Однако в ономастике чаще склоняются к крестильному происхождению, поскольку имя Фелицата (и его краткие формы) действительно бытовало в русской деревне.

Фамилия не относится к числу массовых. В дореволюционных справочниках и современных базах данных носители Филицина встречаются преимущественно в центральной России, в частности в Тверской, Ярославской и Московской губерниях. Встречается также вариант написания Фелицына — он ближе к латинскому оригиналу, но Филицина с буквой «и» — результат народной адаптации, когда непривычное «е» заменяли на более привычное «и». Это типичный пример того, как книжное церковное имя «обрусевало» в произношении и письме.