Фамилия Фильшакова — женская форма фамилии Фильшаков, и её разбор стоит начать именно с мужского варианта, который указывает на род занятий или прозвище предка. Основа «Фильшак» образована от имени Фильша — просторечной, обиходной формы православного имени Филипп (от греческого «любящий коней»). В русской традиции имена в быту часто сокращали и добавляли суффиксы: из Филипп получалось Филя, а затем Фильша, где суффикс -ш- характерен для западнорусских и украинских говоров (сравните: Паша от Павел, Маша от Мария). Таким образом, Фильша — это «маленький Филипп» или просто человек по имени Филипп в ласкательной форме.

К основе Фильшак добавили типичный русский фамильный суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «сын Фильшака». Суффикс -ак в имени Фильшак придаёт оттенок просторечия или даже прозвищности — так могли называть человека не просто по имени, а по какой-то характерной черте, например, «Фильшак» могло быть уличным именем для Филиппа, который выделялся среди односельчан. Такая модель образования (имя + -ак + -ов) встречается у фамилий вроде Ивашаков, Осташаков, но реже, чем стандартные -ов или -ин, что делает Фильшаковых носителями сравнительно редкой словообразовательной схемы.

Географически фамилия Фильшаков (и Фильшакова) тяготеет к регионам, где было распространено имя Филипп в его простонародных формах — это центральные и южнорусские области, а также территории, исторически связанные с украинским и белорусским влиянием. В дореволюционных переписях такая фамилия могла встречаться среди крестьян и мещан, особенно в тех местах, где в обиходе активно использовались уменьшительные варианты церковных имён. Прямой связи с конкретным ремеслом или сословием нет — основа чисто именная, а не профессиональная.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Фильшаков отличается от более частых Филлипов и Филяев именно суффиксом -шак, который вносит оттенок «свойскости» и региональной окраски. Встречается также вариант Фильшаков с ударением на второй слог (Фильша́ков), что может указывать на разную диалектную традицию произношения. В целом, Фильшакова — фамилия, которая прямо говорит: предок носителя звался Фильшаком, то есть был в своей среде «Филиппом по-простому», и это имя закрепилось за его потомками.