Фамилия Фильшина образована от имени Фильша — так в народе называли мальчика или мужчину, носившего одно из крестильных имён греческого происхождения с основой «фил-», то есть «любящий», «любимый». В этот ряд входят Филипп, Филарет, Филимон, Филей, Филон и Феофилакт. Имя Фильша — это не самостоятельное имя, а уменьшительно-обиходная форма, каких в старину было множество: Филя, Филька, Фильша. Подобные сокращения возникали в крестьянской и посадской среде, где длинные церковные имена резали на слух и перекраивали на свой лад.

Скорее всего, основатель рода Фильшиных был человеком из простого сословия. На это указывает сама модель фамилии: суффикс -ин присоединяли к основам на -а/-я, и такие фамилии чаще всего фиксировали за крестьянами, ремесленниками и мелкими служилыми людьми. Форма Фильшин означает «чей?» — сын, потомок Фильши. Со временем это отчество закрепилось как фамилия и передавалось уже без изменений.

Интересно, что фамилия Фильшина встречается заметно реже, чем Филькин или Филин, хотя корень тот же. Причина в том, что форма Фильша была менее распространена: она бытовала в основном в северных и центральных русских говорах, где любили добавлять к уменьшительным именам суффикс -ш-. Тот же путь прошли фамилии Тимошин (от Тимоша), Якшин (от Якша) и, например, Марфин (от Марфа). Так что Фильшина стоит в ряду фамилий, которые сохранили редкую диалектную черту народного имяобразования.

Если говорить о значении исходных имён, то у Филиппа оно «любящий коней», у Филарета — «любящий добродетель», у Филимона — «любимый», у Феофилакта — «хранимый Богом». Но для предков Фильшиных различие между этими святыми вряд ли имело значение: имя в быту звучало одинаково, а церковное полное имя могли менять при переписи или просто не помнить. Поэтому сегодня нельзя утверждать, от какого именно канонического имени пошла конкретная ветвь рода — это останется загадкой, которая, впрочем, не мешает видеть в фамилии ясный след живого народного языка.