Основой фамилии Филянина послужило имя Филяня. Филяня — уменьшительный вариант одного из греческих имён: Филипп, которое переводится как «любитель лошадей» или «наездник», или Филимон, что значит «верный, надёжный». Это имя было довольно распространено на Руси, поскольку имена Филипп и Филимон довольно часто встречались в святцах: в истории православия известно десять святых покровителей имени Филипп и пять — имени Филимон. Скорее всего, основатель рода Филяниных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филяня, со временем получил фамилию Филянина.