Фамилия Фишенко звучит на украинский лад, и это не случайно. Характерный суффикс -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Фиша. Вопрос в том, откуда взялось это имя.

Самая вероятная версия — фонетическая адаптация имени Фёдор. В украинских говорах звук «ё» часто переходил в «и»: Фёдор превращался в Хведь, Федь, а уменьшительная форма могла звучать как Фіша (Фиша). Таким образом, Фишенко — это буквально «сын Фиши», то есть потомок человека по имени Фёдор. Эта модель образования одна из самых распространённых для украинских фамилий.

Есть и вторая, более редкая версия. В южнорусских и украинских диалектах словом «фиш» (от немецкого Fisch — рыба) могли прозвать рыбака или продавца рыбы. Влияние немецких колонистов, особенно в Новороссии и на юге Украины, оставило след в местных говорах. В этом случае Фишенко — «сын рыбака», то есть фамилия, указывающая на профессию предка. Эта версия менее вероятна для массового распространения, но вполне возможна для отдельных родов, особенно живших вблизи немецких поселений.

С точки зрения географии, фамилия Фишенко не является сверхраспространённой, но встречается в Харьковской, Полтавской, Сумской областях, а также в Краснодарском крае России — регионах, куда активно переселялись украинские крестьяне. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться по-разному: Фищенко (через «щ») или Фiшенко (с латинской i). Вариант с «щ» — результат аканья или местного произношения, но оба написания восходят к одному корню.

Сословная принадлежность у Фишенко была разной: это и казаки, и государственные крестьяне, и мещане. Фамилия не указывает на дворянское происхождение — она типично народная, крестьянско-казацкая. Знаменитых носителей, широко известных за пределами профессиональных кругов, немного, что только подтверждает её «земной», бытовой характер.