Фамилия Францишков — редкий пример русской фамилии, образованной от западноевропейского имени. В её основе лежит католическое имя Францишек — польская и чешская форма имени Франциск (в русской традиции — Франц). Суффикс -ов указывает на типично русскую модель: такую фамилию давали по отцу, то есть Францишков буквально означает «сын Францишека». Если бы фамилия закрепилась в польской среде, она выглядела бы как Францишкевич или Францишковский, а в белорусской — как Францишкаў.

Главная особенность этой фамилии — её редкость. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Францишковы встречаются точечно, и это говорит о конкретном происхождении. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из католических регионов Речи Посполитой (современные Польша, Литва, Западная Беларусь или Украина), который оказался в православной или старообрядческой среде. Имя Францишек у поляков и литовцев было очень популярно, особенно в честь святого Франциска Ассизского, а в русском быту его переосмыслили как отчество, добавив -ов.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком: в русском языке нет исконного корня «францишк». Это указывает на то, что фамилию не переводили и не адаптировали по смыслу, а механически «обрусели» путём прибавления патронимического суффикса. По сословию предки Францишковых могли быть мещанами, однодворцами или крестьянами, переселившимися из западных губерний, — дворянская среда обычно сохраняла польские окончания (-ский, -ич). Сейчас фамилия встречается в основном на юге России и в Сибири, куда в XIX веке ссылали участников польских восстаний, что добавляет её истории драматический оттенок.