Фамилия Фундорко — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, возникло не из славянского, а из западноевропейского корня. Основа «фундор» восходит к немецкому «Pfunder» или голландскому «vonder» — так называли человека, занимавшегося взиманием штрафов или пошлин, буквально «взыскатель». В южнорусских говорах и в среде запорожского казачества, где было много выходцев с западных земель, это слово могло закрепиться за прижимистым, строгим или скрупулезным человеком.

Суффикс «-ко» типичен для украинской и белорусской ономастики. Он указывает на патронимическое происхождение: «Фундорко» — это «сын Фундора» или «маленький Фундор». Такая модель образования фамилий была особенно распространена на Левобережной Украине и в южных регионах России, где украинское влияние смешивалось с местными традициями. Фамилия могла возникнуть в среде мещан или казаков, а не крестьян — взыскание податей было занятием городским или административным.

Географически фамилия привязана к Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниям, а также к приграничным районам современной России. Встречается она и в Беларуси, но реже. Интересно, что в польском языке есть фамилия Fondorski — сходная по звучанию, но с дворянским суффиксом «-ский». Украинская форма «Фундорко» осталась без шляхетского окончания, что говорит о более простом происхождении — скорее всего, от ремесленника или мелкого чиновника.

Встречается вариант написания с одной «н» — Фудорко, но он менее точен. В документах XIX века фамилию могли записывать как «Фундарко» через «а», что отражает живую речь: безударное «о» в украинских фамилиях часто переходило в «а». Спорных версий немного: иногда корень связывают с польским «funda» (праща, рогатка) — тогда прозвище мог получить меткий стрелок, но это менее вероятно, так как в польском это слово редкое и узкое.