Фамилия Габалите — редкая для русского уха, и её происхождение почти наверняка не славянское, а прибалтийское. В первую очередь она указывает на литовские или латышские корни. На это прямо работают два признака: окончание -ите и ударение, которое в русском языке обычно падает на последний слог (Габалите́). В литовской ономастике суффикс -ите (при произношении -ите́) — это типичный показатель женской фамилии по отцу. Мужская форма той же фамилии звучала бы как Габалас или Габалис. То есть носительница фамилии Габалите — это, скорее всего, дочь или жена человека по прозвищу Габала.

Основа фамилии — «габала» — в литовском языке имеет несколько значений. Самое вероятное: «габала» (gabalas) переводится как «кусок», «часть», «обломок». В качестве прозвища такое слово могло закрепиться за человеком крепкого, коренастого телосложения — как «кусок» чего-то большого, либо за тем, кто был оторван от семьи, жил отдельно. Менее распространённая версия связывает основу с литовским «gabti» — «схватывать», «хватать». В этом случае прозвище Габала мог получить хваткий, ловкий человек, умеющий быстро ухватить удачу или добычу.

Географически фамилия тяготеет к восточной Литве и приграничным районам Латвии, где исторически были сильны литовские говоры. Встречается она и в Литве, и в Латвии, а в русскоязычной среде — преимущественно у потомков литовцев, переселившихся в Россию или Беларусь в XIX–XX веках. Интересно, что в Латвии фамилия могла писаться как Gabalīte, с долгой гласной, что также указывает на литовское происхождение, поскольку для исконно латышских фамилий такое окончание менее характерно.

Сословно предки Габалите, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками. Фамилии с суффиксом -ите в Литве до XIX века не были закреплены юридически и часто передавались по отцу как отчества. Официально их зафиксировали после отмены крепостного права в 1861 году в Российской империи, когда литовцам начали массово давать фамилии по прозвищам. Если искать однокоренные славянские аналоги, то по смыслу Габалите близка к русским фамилиям Кусков, Кусов или Частиков — все они образованы от слов, обозначающих часть целого.