Фамилия Габалы — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает личное прозвище. В основе лежит топоним Габалы — так называется город в Азербайджане, древняя столица Кавказской Албании. Фамилия образована по самой простой и распространённой в русской среде модели: название места + суффикс -ы, который в данном случае работает как окончание множественного числа. По сути, это «те, кто из Габалы» или «габалинцы».

Суффиксальная часть здесь необычна. В русских фамилиях окончание -ы/-их (типа Глухих, Седых) типично для северных и сибирских говоров и указывает на принадлежность к роду или дому. Но в случае с Габалы мы, скорее всего, имеем дело не с русским патронимическим суффиксом, а с застывшей формой родительного падежа множественного числа от этнонима или названия жителей. То есть фамилия могла возникнуть у переселенцев, которых в документах записывали по месту выхода: «Иван из габалов» — то есть из числа жителей Габалы. Со временем форма «Габалы» закрепилась как фамильное прозвище.

Есть и другая версия, менее вероятная. В тюркских языках слово «габал» (или «кабал») может означать «неуклюжий», «мешковатый», а в некоторых диалектах — «толстый». Тогда фамилия могла бы возникнуть из прозвища по внешности. Но против этого говорит редкость такого корня в русских фамилиях и наличие реального и известного топонима. Город Габалы существовал веками, и выходцы оттуда вполне могли оказаться в русских землях после присоединения Кавказа в XIX веке.

Фамилия явно поздняя по времени фиксации — не древняя боярская или крестьянская, а скорее «географическая», появившаяся в эпоху активных миграций. Она не даёт сословной привязки: её могли получить и купцы, и отставные солдаты, и крестьяне, переселившиеся из Закавказья. Встречается она преимущественно на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает связь с кавказским регионом.

Поскольку фамилия редкая и не попала в классические ономастические словари (Унбегауна, Веселовского), её разбор строится на анализе модели и географии. Однокоренных фамилий в русском языке практически нет — это дополнительный аргумент в пользу топонимического, а не прозвищного происхождения.