Фамилия Габидин — редкий случай, когда фамилия образована напрямую от арабского имени без типичного русского суффикса. Основа здесь — мужское имя Габид (араб. ‘ābid — «поклоняющийся», «раб Божий»). В русской среде это имя обычно оформлялось суффиксом -ов: Габидов. Но вариант Габидин показывает иной путь: либо фиксацию фамилии в форме, близкой к тюркскому произношению (с окончанием -ин, характерным для языков Поволжья), либо — что реже — происхождение от имени Габид с добавлением уменьшительного или патронимического -ин напрямую.

Вероятнее всего, фамилия имеет тюркские корни, но с арабским заимствованием. В татарской, башкирской или казахской среде имя Габди, Габдулла, Габид часто давали в религиозных семьях. Фамилия Габидин могла закрепиться у мулл, учеников медресе или просто у людей, чей предок носил имя Габид. Суффикс -ин в этой модели — не русский патронимический, а скорее показатель принадлежности в тюркских языках (буквально «принадлежащий Габиду»).

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди казанских татар в диаспоре. Встречаются и написания с удвоенной «д» — Габиддин, что указывает на более полную арабскую форму ‘Ubayd («маленький раб Божий»). Но вариант Габидин — более краткий, возможно, результат упрощения при записи в советских паспортах.

Известных носителей с такой фамилией в открытых источниках почти нет — это указывает на её редкость и, скорее всего, локальное бытование. Социально предки носителя фамилии могли быть духовными лицами или крестьянами, но точных данных о сословной принадлежности нет.

В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода на твёрдый согласный: Габидина, Габидину. Женский вариант не склоняется, если принадлежит женщине.