Фамилия Габышевы образована от имени Габыш, а вот с его значением всё не так однозначно — здесь сталкиваются как минимум две версии, и обе имеют право на существование.

Первая ведёт к арабскому обрядовому имени Кабиш, которое переводится как «баран». В этом случае фамилия уходит корнями в XV–XVII века, в среду тюркских народов — выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Такая основа не редкость для русских фамилий, потому что в то время много нерусских по происхождению дворян входило в состав российского служилого сословия, и их имена постепенно русифицировались.

Вторая версия объясняет имя Габыш как тюркское сложение из двух основ: «gabi» (глуповатый) и «bes» (пятый). Скорее всего, так могли прозвать пятого ребёнка в семье — с намёком на то, что он усваивает новое медленнее других. Это объяснение бытовое, прозвищное, и оно выглядит не менее правдоподобным: в крестьянской среде детей часто называли не по святцам, а по порядку рождения или по заметным особенностям.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Габышев), то есть «сын Габыша», «потомок Габыша». Фамилия закрепилась в формах Габышев и Габышевы, и это один из тех случаев, когда восточное имя, пройдя через русскую фамильную систему, стало памятником сразу двум культурам — и тюркской, и русской.