Фамилия Габышева — женская форма фамилии Габышев. В её основе лежит прозвище или некалендарное имя Габыш, и единого мнения о его происхождении нет. Специалисты предлагают две основные версии.

Первая связывает имя Габыш с арабским обрядовым именем Кабиш, которое переводится как «баран». В этом случае фамилия могла указывать на род занятий предка, связанный со скотоводством, или же быть пожелательным именем, символизирующим силу и плодовитость. Переход звука «к» в «г» — фонетически закономерное явление в ряде тюркских языков, что объясняет появление формы Габыш.

Вторая версия отталкивается от тюркского корня. Слово «gabi» в некоторых тюркских наречиях означает «глуповатый», а «bes» — «пятый». Исходя из этого, прозвище Габыш мог получить пятый ребенок в семье, отличавшийся нерасторопностью или простодушием. Такая модель прозвищ (порядковый номер + качество) встречается в традициях многих народов. Эта версия выглядит правдоподобной, так как объясняет и числовой, и качественный компоненты прозвища, не прибегая к заимствованиям.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Габышев буквально означает «сын Габыша» или «человек из рода Габыша». Фамилия закрепилась в русской ономастике, пройдя долгий путь от прозвища до наследственного родового имени. Точное место и время возникновения рода Габышевых можно установить только в ходе конкретных генеалогических изысканий, однако обе версии происхождения связывают фамилию с тюркской языковой и культурной средой.