Фамилия Гафиуллин — яркий пример тюрко-татарской модели образования фамилий, и её разумнее начинать не с корня, а с суффикса. Аффикс -ин здесь не русский притяжательный суффикс, а результат русификации татарского патронимического суффикса -ов или адаптации окончания -ын (в татарском языке притяжательность третьего лица). Со временем написание закрепилось как Гафиуллин, хотя в исходном виде фамилия звучала бы как Гафиулла улы (сын Гафиуллы). Такая модель типична для фамилий татарских мурз и служилых людей, принятых на русскую службу в XVI–XVII веках.

Основа фамилии — арабское мужское имя Гафиулла (غَفِيّ الله). Оно составное: «Гафи» (غَفِيّ) — «прощающий», «милующий», и «Алла» (الله) — «Бог». Полное значение — «Прощённый Аллахом» или «Тот, кого Бог помиловал». В исламской традиции это одно из теофорных имён, подчёркивающих милость Всевышнего к человеку. Имя было распространено у волго-уральских татар, башкир и других тюркоязычных народов, исповедующих ислам.

Географически фамилия Гафиуллин чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарских диаспор в Оренбургской, Челябинской, Ульяновской областях и в Западной Сибири. Это не случайно: именно в этих регионах в XVIII–XIX веках проходила массовая фиксация фамилий у татар и башкир, когда вместо отчества по имени отца записывали родовое имя с русским окончанием. Если предки Гафиуллиных были из Казанской или Уфимской губернии, они с высокой вероятностью относились к сословию государственных крестьян или тептярей (смешанное сословие из башкир, татар и марийцев).

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её путают с арабским именем Гафур (прощающий), но это разные корни: Гафиулла — именно составное имя с частицей «улла», что однозначно указывает на теофорную модель. Встречается вариант написания Гафуллин — он возникает при усечении гласной «и», но оба варианта восходят к одному источнику. Фамилия нередкая, и её носители не принадлежали к аристократии — скорее, к духовенству (муллы, ахунды) или крестьянству, так как имя Гафиулла чаще давали простым верующим, а не знатным родам.

Ономастические словари (например, работы Г. Ф. Саттарова по татарским фамилиям) подтверждают: Гафиуллин — типичный арабско-тюркский антропоним, адаптированный русской административной системой. Никаких «утерянных значений» или «дворянских легенд» за ним не числится, что делает его честным маркером происхождения: предки были мусульманами, носившими имя, прославляющее божественную милость, и жили на стыке татарской и русской культур.