Фамилия Гагаховы — одна из тех русских фамилий, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит прозвище Гагах, которое напрямую связано с птицей гагой. Это северная морская утка, знаменитая своим исключительно тёплым и лёгким пухом — тем самым, что идёт на знаменитые «гагачьи» одеяла. Обитает гага на побережьях Баренцева, Белого и Балтийского морей, где в заповедниках её охраняют с особым тщанием.

Прозвище Гагах, скорее всего, дали не за внешность, а за какое-то свойство характера или поведения. В народе птичьи прозвища часто получали люди суетливые, крикливые или, наоборот, те, кто был «свой» в какой-то местности, как гага — на своём побережье. Вряд ли прозвище указывало на профессию: охота на гагу была строго ограничена, и промышляли ею единицы.

Словообразовательная модель здесь типична для русского севера и центра: суффикс -ов присоединился к прозвищу на -ах. Такие формы (Гагах, Гагаха) в диалектах нередко служили ласкательными или шутливыми вариантами имени или прозвища. Фамилия Гагахов — не единственная в этом ряду: есть и Гагарины, и Гагаевы, и Гаголины, но все они расходятся в корнях. «Гагаховы» стоят особняком, поскольку их основа — не «гагара» и не «гоголь», а именно «гага» с характерным суффиксальным наращением.

О точном месте возникновения фамилии сегодня говорить сложно: процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий, и письменные источники по Гагаховым редки. Однако по географии бытования можно предположить, что корни фамилии — в северных или северо-западных областях России, там, где птица гага была частью повседневного ландшафта, а не книжной редкостью.