Фамилия Гагариновы (в мужском роде — Гагаринов) образована от прозвища Гагара. Основа здесь — название крупной водоплавающей птицы чёрного или тёмного оперения. В славянской традиции «птичьи» прозвища давали не случайно: они ярко описывали внешность или поведение человека. Скорее всего, Гагарой называли либо смуглого, черноволосого мужчину (по цвету птицы), либо хохотуна и весельчака — из-за громкого, отрывистого крика гагары, похожего на хохот.

Модель образования фамилии простая: к основе Гагар- добавили суффикс -ин-, который в русских фамилиях означает «чей?» — то есть «сын Гагары» или «потомок Гагары». Это типичная патронимическая форма, одна из самых распространённых в центральной и северной России. Интересно, что фамилия Гагаринов встречается реже, чем фамилия Гагарин (без суффикса -ов-), которая известна по княжескому роду Гагариных. Однако Гагариновы — не княжеская ветвь, а самостоятельный крестьянский или мещанский род, где прозвище дали не по титулу, а по птице.

Точное место возникновения фамилии установить трудно: процесс закрепления фамилий у крестьян шёл вплоть до XIX века. Но суффикс -ин- чаще встречается на Русском Севере, в Поволжье и в некоторых областях Центральной России. Возможно, предки Гагариновых жили вблизи озёр или рек, где водилась эта птица, и прозвище закрепилось за всей семьёй.