Фамилия Гагарникова — одна из тех, где женская форма на -а скрывает мужскую основу, а та, в свою очередь, таит в себе целое ремесло. Если коротко: предок женщины с этой фамилией был, скорее всего, птицеловом или торговцем дичью, а точнее — человеком, который промышлял гагар.

Слово «гагара» в русских говорах имело два основных значения. Первое и самое прямое — водоплавающая птица, северная нырковая утка с ценным пухом и мясом. Второе — переносное: так в некоторых областях называли человека нелюдимого, угрюмого или нескладного, «гагаристого», то есть похожего на эту птицу с неловкой походкой на суше. Оба значения — равноправные источники для прозвища Гагарник.

Суффикс -ник в основе «гагарник» — типичный для названий промыслов и занятий в древнерусском языке. Гагарник — это не просто «тот, кто имеет отношение к гагаре», а конкретный человек: охотник на гагар, добытчик гагачьего пуха, либо торговец, который скупал и перепродавал битую птицу. Промысел этот был распространён на Русском Севере, в Поморье, на побережье Белого и Баренцева морей, а также в Сибири, где гагары водились в изобилии. Поэтому и фамилия Гагарников (а следовательно, и Гагарникова) географически тяготеет к северным и сибирским регионам России.

Сама фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: прозвище Гагарник → сын Гагарникова → фамилия Гагарников. Ударение чаще всего падает на второй слог: Гага́рников. Встречается и вариант с ударением на последний слог — Гагарнико́в, но он менее характерен для северных говоров.

Стоит различать эту фамилию с фамилией Гагарин. Несмотря на общий корень «гагар», пути у них разные. Гагарин — более древняя и знатная фамилия, известная с XV века, её связывают с княжеским родом и прозвищем Гагара, которое могло означать как птицу, так и «высокого, худого человека». Гагарников же — фамилия «ремесленная» и более поздняя, она формировалась в среде посадских людей, крестьян и охотников, когда прозвище по занятию закреплялось за целым родом.

В современных справочниках фамилия Гагарникова не относится к частым. Она встречается рассеянно, но заметный след оставила в Пермском крае, в Архангельской, Вологодской и Кировской областях — то есть именно на тех территориях, где гагара была промысловой птицей.