Фамилия Гаголин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс, в отличие от -ов, обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, а также к словам, обозначавшим птиц, животных или личные качества. В данном случае основа — «Гагола» или «Гаголь».

Самая прямая и правдоподобная версия связывает фамилию с птицей. «Гаголь» — это устаревшее название утки-гоголя, нырковой птицы из семейства утиных. Прозвище Гаголь или Гагола могли дать человеку за внешнее сходство (например, за манеру двигаться, за круглую голову или характерный нос) либо за привычку нырять или быстро исчезать из виду. В говорах слово «гоголь» имело и переносное значение — «щеголь, франт», «важный, гордый человек» (отсюда выражение «ходить гоголем»). Прозвище Гаголя, таким образом, могло указывать на осанку или манеру держаться.

Менее вероятная, но возможная версия — от диалектного слова «гаголить» (говорить невнятно, бормотать, или, наоборот, болтать без умолку). В этом случае Гаголя — прозвище говорливого или неразборчивого в речи человека. Встречается и вариант, что в основе лежит календарное имя Агафон или Агапий, которое в просторечии могли переделать в Гаголу, но это объяснение требует дополнительных допущений и менее естественно с точки зрения фонетики.

Фамилия Гаголин — редкая. Она не относится к числу массовых дворянских или крестьянских фамилий, распространённых по всей России. Её очаги, скорее всего, находятся в северных и центральных регионах, где говор сохранял слово «гоголь» в птичьем значении, а также в казачьих областях, где прозвища по птицам были особенно популярны. В исторических документах фамилия встречается, но без ярко выраженного сословного окраса: Гаголины могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми.

Интересная деталь: из-за редкого сочетания «гаг» фамилию иногда путают с Гагиными или Гогиными, но это совершенно разные корни. Написание через «а» — единственно верное для этой фамилии, в отличие от фамилии Гоголин, которая восходит к тому же слову, но с другим ударением и огласовкой.