По одной из версий, оно ведет свое начало от распространенного в южных диалектах слова «гогуля», т.е. ушиб, опухоль, болячка. Поэтому Гагулем могли назвать человека, часто получавшего подобные травмы. Существует также другая гипотеза, объясняющая происхождение этой фамилии. Согласно ей, в основу фамилии легло слово «гоглиха», которое в костромских говорах означает «самая мелкая монета». В этом случае прозвище Гагуля носил, вероятно, бедный человек. Кроме того, фамилия Гагуль также могла восходить к гидрониму Гагуль, реке Верхне-Усинского лесничества Усинского лесхоза Красноярского края. В таком случае можно предположить, что предок Гагуль родился и жил на берегу этого водоема.