Фамилия Гамер — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается не славянская, а еврейская история. Это русифицированный вариант фамилии Хамер, где начальный звук «х» со временем перешёл в «г». Такая замена типична для восточноевропейских фамилий, попавших в русскоязычную среду: звук «х» просто выпадал или заменялся на более привычный для русского уха «г».

Основа фамилии — идишское слово hamer, то есть «молоток». В ашкеназской традиции, где фамилии часто давали по профессии, Хамером называли кузнеца или молотобойца — того, кто либо делал молотки, либо постоянно работал с ними. Но прозвище могло закрепиться и за человеком с тяжёлой рукой или крутым нравом: «молоток» в переносном смысле — сильный, крепкий мужчина, которого не сломать.

В отличие от многих других еврейских фамилий, Гамер не является фамилией-аббревиатурой (вроде Кац или Шац) и не содержит типичных для ашкеназов формантов вроде -ман, -зон или -штейн. Это чисто профессиональное прозвище, которое впоследствии закрепилось как фамилия. Стоит отметить, что в Израиле носители этой фамилии могли бы оформить её с артиклем принадлежности к роду — Га-Гамер, но в российской и польской записи она устоялась без приставок.

Документальные подтверждения фамилии встречаются в Книгах памяти разных областей. Например, в Липецкой области упомянут Герш Шмулевич Гамер, родившийся в 1902 году в польском городе Томашев Люблинского воеводства. В Нижегородской области — Моисей Исаакович Гамер, 1894 года рождения, уроженец Ровно Волынской губернии. Оба этих случая показывают, что фамилия была распространена в черте оседлости на территории современных Польши и Украины.