Фамилия Гамынина — женская форма, мужской вариант — Гамынин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Гамыня. Слово «гамыня» в русских говорах имело несколько значений, и выбор версии зависит от того, в какой среде и где именно возникла фамилия. Самое вероятное объяснение — от глагола «гамить» (шуметь, кричать, галдеть). Тогда Гамыня — это крикун, горлопан, человек с громким голосом. В некоторых диалектах «гамыня» означала также ворчуна или брюзгу, того, кто постоянно «гамит» в значении «ворчит, бранится». В словаре Владимира Даля зафиксировано и слово «гамыга» — медлительный, вялый человек, но для фамилии Гамынина эта параллель менее убедительна, так как суффикс -ыня чаще образует прозвища по действию или характеру, а не по медлительности.

Фамилия образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -а/-я притяжательный суффикс -ин. Гамынин буквально значит «сын Гамыни», «принадлежащий Гамыне». Суффикс -ин, в отличие от -ов/-ев, типичен для прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный, и в северных и центральных регионах России встречается чаще, чем на юге. Это даёт косвенную географическую привязку: вероятнее всего, предки носителей фамилии жили в северных или среднерусских областях — в Новгородской, Вологодской, Костромской, Владимирской или Ярославской губерниях.

Встречается и более редкая версия: Гамыня — производное от канонического имени Гам или Гаммон, но это маловероятно, так как подобные имена в святцах отсутствуют, а народные переделки редких греческих имён обычно имеют другие суффиксы. Поэтому прозвищное происхождение от «гамыни» как шумного человека остаётся основным.

Сословно фамилия Гамынина не указывает на дворянство или духовенство — типичный суффикс -ин и бытовая основа говорят о крестьянской или посадской среде. В исторических документах фамилия встречается с XVII века, например, в переписных книгах по Устюжскому уезду упоминаются крестьяне Гамынины. Таким образом, предки носителей этой фамилии — скорее всего, вольные или владельческие крестьяне Русского Севера, получившие фамилию по прозвищу родоначальника, отличавшегося шумным или сварливым нравом.