Фамилия Ганчурины — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем прозрачный корень. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от крестильных имён или профессий, эта фамилия почти наверняка ведёт к конкретному месту — селу Ганчурино в Пензенской области. Само село, судя по архивным данным, существовало уже в XVII веке и получило название по фамилии первопоселенцев или владельцев. Таким образом, Ганчурины — это не «сыновья Ганчуры», а скорее «выходцы из Ганчурина», что типично для фамилий, закрепившихся за целыми крестьянскими родами после отмены крепостного права, когда бывшим дворовым давали фамилии по месту жительства.

Корень «Ганчур» не имеет прямого аналога в русском языке. Вероятнее всего, он тюркского происхождения. В татарском и башкирском языках есть слово «ганч» (или «канч») — «кнут», «плеть». Прозвище Ганчур мог получить либо пастух, либо человек с жёстким, крутым нравом. Однако возможна и другая версия: «Ганчур» — искажённое диалектное «ганчир» (гнилой, трухлявый), но она менее убедительна, так как в основе фамилий редко лежат явно негативные качества без ироничного подтекста.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ганчурин. В центральных и южных губерниях России этот суффикс был основным для образования фамилий от слов, оканчивающихся на -а или согласный. Форма множественного числа — Ганчурины — закрепилась в официальных документах как обозначение целого рода. В дореволюционных метрических книгах Пензенской губернии эту фамилию носили в основном государственные крестьяне, а не дворяне, что подтверждает её «географическое» происхождение: целая деревня писалась под одной фамилией.

Сейчас фамилия остаётся локальной. Основная масса Ганчуриных по-прежнему сосредоточена в Пензенской области и соседних регионах — Мордовии, Ульяновской области. Встречаемость за пределами этого ареала — единичные случаи, связанные с миграцией в XX веке. С точки зрения словообразования, это редкий пример фамилии, где топоним (название села) стал основой для родового имени, а не наоборот.