Фамилия Гандарай — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет искусственное, книжное происхождение и связана с духовным сословием. Разберём словообразовательную модель. Фамилия заканчивается на -ай, что для русских фамилий нетипично. Этот суффикс чаще встречается в украинских, белорусских или польских фамилиях (например, Грицай, Паламарь). Но в случае с Гандарай основа неочевидна.

Наиболее правдоподобная версия — фамилия образована от названия индийского музыкального инструмента «гандара» или «гандарва» (небесный музыкант в индуизме). В XIX веке в семинариях было модно давать будущим священникам «красивые», необычные фамилии, образованные от экзотических слов, названий растений, мифологических существ. Семинарист мог получить фамилию Гандарай как производную от «гандара» — по созвучию или по аналогии с «лира», «псалтирь». Это объясняет и редкий суффикс -ай, который в семинарской среде использовали для создания новых форм.

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища. В южных говорах (украинских, белорусских) слово «гандара» могло означать «высокий, худой человек» или «неряха», но это локальная лексика, не зафиксированная в крупных словарях. Если фамилия возникла в крестьянской среде, то основой могло стать именно такое прозвище.

Географически фамилия Гандарай встречается в основном на юге России и Украины, что подтверждает и версию о семинарском происхождении (семинарии в Киеве, Чернигове, Харькове), и возможный украинский след. Встречается она крайне редко — носителей можно пересчитать по пальцам.

Таким образом, если ваши предки были из духовного сословия, фамилия, скорее всего, «искусственная», от слова «гандара» (музыкальный инструмент). Если корни крестьянские — то это прозвище, смысл которого сегодня уже не восстановить без конкретных диалектных данных.