Фамилия Гандарина — женская форма фамилии Гандарин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Гандаря. В русской ономастике это редкий случай, когда на первый план выходит не суффикс, а сама основа, которую стоит разобрать внимательнее.

Слово «гандаря» в русских говорах имело вполне конкретное значение: так называли человека с большим животом, пузана, а также — неряху, небрежно одетого. В. И. Даль в своём словаре фиксирует глагол «гандарить» — «тащить, нести что-то тяжёлое, громоздкое», и «гандариться» — «важничать, чваниться». Таким образом, прозвище Гандаря могло относиться к человеку грузному, медлительному либо к тому, кто любил носить не по размеру просторную одежду и казаться значительнее, чем есть. Вторая версия — от диалектного «гандара» (болтун, пустомеля), но она менее вероятна, так как в говорах преобладает «телесный» смысл.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе на -я добавляется притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — Гандарин, то есть «сын Гандари». Такая модель особенно характерна для фамилий, возникших от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я (Митя — Митин, Кузя — Кузин, Гандаря — Гандарин). Суффикс -ин указывает на происхождение от конкретного лица, а не от географического названия или профессии.

География фамилии узкая. Судя по доступным данным, Гандарины — это преимущественно жители юга России, Поволжья и Урала. Встречается фамилия и у донских казаков, что косвенно подтверждает прозвищное происхождение: в казачьей среде меткие бытовые характеристики были обычным делом. Дворянского происхождения у этой фамилии нет — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не в помещичьей усадьбе, а в деревенской или станичной среде.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гандаров, Гандаренко, Гандарь) показывает, что корень «гандар-» не был широко распространён — это локальное прозвище, не перешедшее в разряд массовых. Поэтому носительница фамилии Гандарина может с высокой вероятностью проследить свои корни до конкретного предка-основателя, жившего не позднее XVII–XVIII веков, которого окрестили Гандарей за его внешность или повадки.